台鐵新購的EMU3000型列車採簡單的黑白設計，美學方面普遍受到肯定，但是上路營運後，不斷有民眾反映座椅設計造成乘座不適等問題，台鐵局允諾將研議調整椅背角度，且將設計腰部靠枕，要讓民眾乘座有感，初期將規劃用一列車或商務座艙試行，等效益結果出來後，再推行全面採用。

    台鐵局今年度針對列車車廂滿意度調查，一般旅客對於EMU3000型感到滿意達百分之89.1，對於建議改進事項「座椅不舒適」達百分之33.5，及「空調溫度未達適中」百分之33.1。

    台鐵局調整列車配置及班表，未來EMU3000規劃東部幹線的主力。過去曾有網友在臉書社團花蓮人發文表示，EMU3000列車椅子是「詭異的人體工學」，抱怨椅子難坐，貼文短短一天，獲得1千5百多個按讚，不少花蓮網友也分享自身的慘痛經驗。

    台鐵局說明，民眾反應座椅太硬，其原因是考量防火而應用的材質，至於座椅角度，將再與日本廠商研議調整，希望能提升舒適度；同時將設計腰部靠枕，目前決議將先採用一列車或商務座艙試行方式，待旅客反應良好後再全面推行；另也有民眾反應，EMU3000沒有杯架造成許多不便，台鐵局也允諾儘速完成杯架改善。